מחמצת (שאור) היא בעצם בלילה המיוצרת מקמח ומים, וע"י תהליך התרבות של חיידקים, שהם בעצם שמרים טבעיים, היא מקבלת את יכולת התפיחה ואת הטעמים האופייניים לה. לרוב מחמצת נוצרת מערבוב של קמח ומים בלבד, אך לפעמים מוספים לתערובת שמרי בר (לא תעשייתיים), על מנת לזרז את התהליך. ההבדל המהותי בין המחמצת לבין שמרים תעשייתיים הוא שהשאור הוא גידול טבעי של פטריות וחיידקים מתוך שמרי הבר המצויים על קליפת גרגיר החיטה ובאוויר.
לחמי שאור הם לרוב בעלי ערכים תזונתיים גבוהים יותר, שכן המחמצת הטבעית מוסיפה ללחם ערכים תזונתיים, כמו המינרל הנקרא סלניום. פרוסה בינונית של לחם מחמצת מכניסה לגופנו ב-30% מהתצרוכת היומית המומלצת של סלניום, שהוא אחד המינרלים החשובים ביותר לגוף. הגוף זקוק לסלניום על מנת לייצר אנזימים הנקראים סלנופרוטאינים, התומכים בתפקודה התקין של בלוטת התריס ומסייעים במניעת הנזקים של רדיקלים חופשיים. מעבר לכך, שימוש במחמצת גם משפר את ערכיו התזונתיים של הלחם עצמו, ואת רמת הספיגה שלהם בגוף, שכן חלק מהאנזימים המיוצרים בתהליך ההחמצה מעכבים את הפרשת החומרים הללו למערכת העיכול ומאפשרים לה לקלוט אותם בצורה טובה יותר.
מחקר, שפורסם בשנת 2001, מראה כי בלחם מחמצת ישנן חומצות לקטיות, אשר מסייעות בהפחתת פעילותה של החומצה הפיטית הקיימת בדגנים שונים בכ-25% עד 40% לעומת לחמים שתססו בשמרים תעשייתיים. חומצה פיטית היא חומצה הקיימת בדגנים (חיטה, כוסמין, שיפון וכיוצא באלה) ומעכבת ספיגת מינרליים מחלל המעי אל מחזור הדם. המחקר הוכיח כי החומצה המופקת בתהליך התסיסה של מחמצת בעצם נוגדת את פועלתה של החומצה הפיטית.
מעבר לכך, מחמצת טבעית מכילה בעצמה ערכים תזונתיים חשובים לגוף. כאלה הם סיבים תזונתיים פרוביוטיים שונים, המועילים למערכת העיכול, ומסייעים לעיכול טוב וקל יותר. סיבים תזונתיים, לרוב, אינם מתעכלים, אך הם מזינים את חיידקי המעיים הטובים, ותורמים לשגשוגם ולהמשך פעילותם. חומר נוסף הקיים במחמצת טבעית הוא ויטמינים, כגון B1, הנקרא גם תיאמין, ויטמינים מסדרת B מסייעים לתהליך חילוף החומרים של חלבונים, ובנוסף, תיאמין מסייע למערכת החיסונית שלנו. מחקרים הראו כי פרוסת לחם מחמצת מכילה כ-25% מהתצרוכת היומית המומלצת לאדם של ויטמין B1. בדומה לסלניום, לסיבים התזונתיים ולתיאמין, פרוסה בינונית של לחם מחמצת מכילה גם כמות נכבדות של חומצה פולית, כמות של כ-95 מיקרוגרם, אשר מהווה כ-24% מהתצרוכת היומית המומלצת, ולא צריך להכביר במילים על חשיבותה של חומצה פולית.